塩基配列の多重整列システムMISHIMA快調に動いています

科学紀元９年６月２８日（日）
私の研究室のポストドク，Kirillが主として開発した塩基配列の多重整列システムMISHIMAを使って，現在いくつかのバクテリアゲノム配列の多重整列をしています。ウェブサーバー版MIHISMAも公開していますが，まだバクテリアゲノムほどの大規模データには不安定なので，研究室のマッキントッシュG5でStandAlone版を動かしています。Helicobacter pyloriの６ゲノムは６時間ほどで多重整列が完成。でも大腸菌ゲノム十数ゲノムは違いが大きすぎるのか，まだうまくゆきません。一方，サルモネラの１２ゲノムは，まあまあ整列できました。ただ，謎めいたパターンがあって，はてさて。
　こうして強力なソフトウェアができると，いろいろな世界が見えてくるので，おもしろいのです。